とりあえず、「ずつ」の方が一般的なようです。辞書を見ても「づつ」は「ずつ」を参照するように記述されています。
また、昭和61年に発行された内閣告示「現代仮名遣い」の「第2(表記の慣例による特例)」にも以下のようにあります。
なお,次のような語については,現代語の意識では一般に二語に分解しにくいもの等として,それぞれ｢じ｣｢ず｣を用いて書くことを本則とし,「せかいぢゅう」「いなづま」のように「ぢ」「づ」を用いて書くこともできるものとする。
例 せかいじゅう（世界中）
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うでずく くろずくめ ひとりずつ
というように、原則としては「ずつ」だが、「づつ」とも表記できるということですので、結局曖昧なままのようです。あちこちで議論になるほどの難問のようです。
ちなみにGoogleで検索してみると、「少しずつ」 ・・・ 少しずつ に一致する日本語のページ 約 7,580,000 件
「少しづつ」 ・・・ 少しづつ に一致する日本語のページ 約 3,830,000 件
という結果でした。
